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此后，李时珍依然在科举路上艰难跋涉，集中一切精力，希望能够通过科举考试。一直到嘉靖十九年，也就是1539年，李时珍23那年，他第三次落榜，李时珍的举人梦和李家的举人梦彻底的破碎。现在好多研究者想不通，怎么想不通呢？李时珍这样伟大的科学家、医学家，怎么能够连个举人都考不中呢？
于是大家就拼命地要为李时珍去解释，在他们的心目当中，李时珍如此伟大的一个人物，后来又取得了举世瞩目的成就，怎么连区区一个举人都拿不到手呢？今天的研究者就为此提供了好多理由，主要的理由是，李时珍的心思压根儿就不在科举上，他一心想着人民大众，不愿意迎合科举考试的要求，不好好写文章，不愿意好好写八股文。有的学者认为，李时珍的志向压根儿就不是通过科举考试来谋得一官半职，而是研究医药之学，解除人民的痛苦。大家想想，这样的解释有道理吗？大家再想想，这样的解释有必要吗？我认为，这样的解释完全是毫无必要的蛇足之论，是以后来的李时珍去推断少年的李时珍，以现代人的心理去揣摩古代人的心理，强加于古人。而且这里边还有点嫌疑，还有点现代人的重理轻文的嫌疑。中医学在现代人眼里是科学，科举考试在现代人心里不就文科吗，我们一般认为理科生应该比文科生聪明啊，你理科那么好文科怎么会不好呢？有这种心态在作怪，这实在是有点可笑。李时珍曾经一度热衷于科举，这是历史的常态，丝毫不会损害后来的李时珍伟大的成就和光辉的形象，哪里用得着我们去隔靴搔痒，吃咸盐操淡心的去强做解释。真实的情况应该是李时珍父子都对科举制度心灰意冷，绝望了，觉得李家没有再出举人、出进士的命了，这才转而学医，是一种无奈的选择，不是心甘情愿的放弃。当然，熟悉中国传统读书人心态的都知道有一种说法，叫“不为良相则为良医”，我做不了一个优秀的宰相，那么我就退而求其次，做一个优秀的医生，这是中国传统读书人一个传统心态。丞相当然没那么好当，一般来讲都必须通过科举出身，而良医就可以退而求其次，通过自己的努力做得到的。我想，这也或多或少给李家父子带来一丁点的安慰。
李时珍三次科考不中，在无奈中彻底放弃了科举之路，那年已经23岁，也许我们会感到遗憾，早点随父学医多好，从14岁中秀才，到23岁科举之梦的彻底破碎，这么多年的时间岂不是白白浪费了？
那么，我们是不是可以说，李时珍花费在科举上的23年的时光完全是白费了呢？我想，这么说又过于极端了。为什么呢？科举考试要求对四书五经以及对朱熹的注烂熟于心，这对人的记忆力是有一种特别的要求的，对文字和思维都有相当严格的训练。八股文不是那么好写的，它有一套非常严格的规程，承、转、启、合，这当然会影响到人的思维的严密性。今天的学术界，已经不再对八股文像过去一样一味否定，而是日益看到了传统科举和八股文当中还存在着某些比较好的成份。实际上，这23年的寒窗苦读终究给李时珍打下了良好的文化基础，养成刻苦的学习习惯，这对李时珍来讲都是必不可少的。我们知道，好多中医，在传统中的好多中医的文化水平是不高的。甚至有好多中医一辈子都只会唱方，我不知道大家有没有碰到过这样的中医，他不是给你写方子，是把药名唱出来，旁边有人再写下来。或者旁边的人也不识字，听到他唱的药名直接给你抓药。好多着名的中医都是这样的，一直到1949年以前都是唱方。所以李时珍跟他们当然不同，他有很高的文化素养，中了秀才也就意味着基本上能写一手不错的文章，这怎么能说对李时珍不重要呢？更何况，在科举考试所必须阅读的，中国传统的典籍当中，也有好多关于医药学的知识。像古籍当中我们说《诗经》当中就有好多，所以这一切对李时珍都毫无疑问是有用的。
李时珍所生活的时代，还有一件事情非常值得我们注意，应该受到我们的高度重视。什么事情呢？就是城市的工商业开始发展，开始抬头。做生意这么一个在传统中国社会好像是摆不上台面的事，有点丢面子的事，在明朝中后期突然时髦起来，不再被人看低一等。科举这样的正途不再像以前那么吃香，不像以前那样大家心念中只有一条路，好多儒生特别是在科举考试途中不顺利的那些儒生，被吸引到科学、技术和商业的领域里。这一点我们也能理解，为什么像《金瓶梅》这样的小说产生于这个年代，它完全描写市民的生活。这段时期的科学技术，确实取得了非常长足的发展，是非常令人瞩目的。
李时珍所生活的那个年代，正是中国封建社会，已经开始从鼎盛走向衰败的时期，这样一个社会时期都有些什么特点？又对李时珍产生了什么样的影响呢？
李时珍生活在一个什么样的年代呢？他生活在动荡不安的明朝中后期。在明朝的中后期，连着几个皇帝，都非常的昏庸不堪，有的皇帝甚至昏庸到什么地步呢？昏庸到超出我们想象的地步。比如有的皇帝几十年不上朝。所以有好多臣子做了一辈子的官，从做官开始一直到死都没见过皇帝的面。有这样的皇帝，只顾享乐！老百姓好多时候压根儿就不知道皇帝是谁，只知道大太监是谁，所以民间经常讲，有两个皇帝，他怎么来区分的呢？一个是老皇帝，一个是小皇帝，也许太监的岁数比较大，所以称他老皇帝。有一个站着的皇帝和一个坐着的皇帝，站着的皇帝当然是太监了，因为太监不能坐。太监所控制的东厂、西厂，当然还有别的，完全是一种特务机构，对全国实行特务化的统治，手段残忍无比。朝廷的那些读书人或者士大夫呢？好的也不多，要么和宦官争斗，而这个争斗基本是争权夺利性质的；要么和宦官狼狈为奸，自然更好不到哪里去。国事混乱，统治黑暗，经济残破，社会动荡，反抗不断。这是李时珍所生活的明朝中后期的一个大致的概况。
而这一段时期的明朝，还有一个特点，那就是上行下效，从皇帝到官员，乃至全社会的一般民众，都热衷于什么呢？拜神。这大概不奇怪，因为传统中国好多人都拜神、炼丹，明朝后期的老百姓从上到下也都忙于炼丹、求仙，都期望着自己能够成为神仙。臭名昭着的一代奸臣严嵩，我们大家都知道，他就是靠了写的一首好青词。什么叫青词呢？它是在求仙的时候，献给天上神仙的一种祈求文，你把你自己求仙的决心和希望写下来，用非常华丽的辞藻，而这样的文章叫青词。严嵩能够在中国政坛上崭露头角，得到皇帝的宠信，最后独揽大权，祸国殃民，正是靠他写得一手好清词。像严嵩这样的人当然是迫害忠良，独揽大权，作恶多端。
在这样一个宦官专权，皇帝求仙的年代里，对于刚刚开始当医生的李时珍来说，会不会更加剧了他从医之路的艰辛呢？后来，发生了什么样的特殊事件，使年轻的李时珍名扬天下了呢？
有趣的是，老天爷好像故意要考验这位未来的伟大的医药学家，磨炼他的意志。一开始，就给李时珍来了个下马威。什么样的下马威呢？就是在李时珍正式放弃科举学医的这一年，北京城里的嘉靖皇帝也在这一年下定决心打算炼丹成仙。从此，这位皇帝就拒绝办公，也就是不上朝了。整天一门心思的研究炼丹，亲自领导炼丹工作，决定排除万难，不炼出仙丹，誓不罢休。我们知道，成仙按照道家的说法，有好多种方式，比如修炼、辟谷。但是皇帝的想法跟一般人不一样，他想成仙，但是他可不愿意吃这苦，也不愿意费那么大的劲，他的想法很简单，我该干啥还干啥，只要能炼出一颗灵丹妙药，我吃了药，就羽化登仙了，这是最简捷、最简单的办法。皇帝一般都想最好的事情，而大奸臣严嵩，就是借着这股妖风得到了皇帝的信任。皇帝如此，宫廷里的情况就可想而知了，炼丹的道士当了大官，在威严的皇宫里面，建起了大坛，架起了炼丹炉，全民炼丹。地方上更是一幅荒唐的景象，老百姓被官员驱赶着去捉梅花鹿，砍檀香木，采老灵芝。这个要进贡，皇帝炼丹要用，当时全国的老百姓都忙于干这个。
那么也许我们大家会问，这是发生在宫廷里的事情，发生在遥远北京紫禁城里的事情，跟在湖北蓟州的李时珍有什么关系呢？还真有关系，李时珍的父亲已经不再是铃医了，是进过太医院的名医，他当然不会走街串巷行医，于是他就开了个诊所，这个诊所就开在当地最热闹的道观——玄妙观前。大家如果去过苏州一定都知道，苏州最热闹地方就是玄妙观，他开在这里，以他父亲的名声，生意是非常红火的，前来求医求药的人络绎不绝。但玄妙观是道观，就更要响应嘉靖皇帝的炼丹号召，所以玄妙观里的道士也开始大规模的炼丹，希望能够炼出丹药进贡给皇上，帮助皇上完成成仙的伟大梦想。这么一来，就把李时珍父子的诊所给关了。李时珍对这个当然是一肚子气，事实上，终其一生，李时珍都对炼丹成仙这一套迷信的东西嗤之以鼻，恨之入骨，这股气不仅不是没来由的。皇帝当然是没人能管了，但是，既然皇帝是天子，那么老天爷总应该可以管皇帝吧？果不其然，皇帝的这番胡闹不仅没有能够使自己成仙，反而闹得天怒人怨，老天爷开始发出警告了。然而，只要稍微熟悉一点中国历史的人就会明白，老天爷所警告的往往不是天子，他往往直接警告最苦难的老百姓，这一场警告也是如此。全国性的瘟疫突发，在炼丹炉的袅袅青烟之下，一场来势凶猛的瘟疫突然发生，而李时珍的老家蓟州恰恰是重灾区，为什么呢？因为李时珍的老家是旱灾，紧接着水灾。大旱以后大涝，这是最容易导致大规模瘟疫的。
天灾人祸相继而来，侥幸躲过天灾的百姓，又被瘟疫夺去了性命，灾区的百姓为了逃避灾害和瘟疫，流离失所，四处逃难。此时的李时珍刚刚从医不久，他是如何面对这场大瘟疫的呢？
那么这场瘟疫和李时珍又有什么关系呢？李时珍父子在这场瘟疫当中施药施医活人，正是由于这场大瘟疫，使刚刚开始学医的李时珍有机会直接面对原来只有在书本上读到的病症，或者父亲讲述的大量各种各样的病症。用我们今天的话讲，他因此得以积累宝贵的临床经验。父子医术高超，医德更是感人，按照历史的记载，碰到那些流离失所的穷人，李家父子有时候连药费都不收，大量地提供药物，救人性命，在当时湖广一代传诵一时。而年轻医生李时珍，作为他父亲的助手，完全是战斗在从瘟疫肆虐的第一线，可以说年轻的李时珍的名声就随着瘟疫传播了出去。这么说听起来有点别扭，李时珍的名声随着瘟疫传播出去，别扭归别扭，但却是历史的事实。
当时的情况和今天当然不同，今天我们知道学医动辄六年、八年，医学的学制比较长，而李时珍从开始学医到独当一面，成为一个独立职业的这个医生，只用了三年多的时间，不到四年。从26岁开始，他就已经是一名合格的中医了。
李时珍接下来的医学之路是一帆风顺的吗？他又是怎么会发愿编纂《本草纲目》的呢？请看下一讲。
【二 立志修本草