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女王显然非常赏识阿什凯姆的理念，但他并不想马上写一本这样的书出来。于是，他拒绝了参赞大人的要求。接着，据他所言，他就被女王亲自召见了。这次召见让他感到非常蹊跷。伊丽莎白女王究竟在私底下与昔日的家庭教师说了些什么，我们现在只能凭空猜测。显然，有些秘密被仔细探讨过，这使得阿什凯姆倍感震惊，因为，他当天晚上失眠了。他写道：“那个夜晚，我几乎未眠，我的脑海里浮现的全是这次召见，看来，我真得多多少少满足一下这位好朋友的请求。”
阿什凯姆不会因为女王亲自召见而震惊得失眠。他与伊丽莎白女王是老朋友了。女王年少时，他们就一起读拉丁文、希腊文，有时到了晚上，还经常一起玩牌呢。应该说，他与这个他所喜爱的学生在一起不会感到拘束。所以，女王一定与他谈了非常重要的情况。结果，他真的改变了主意，同意写本书出来，书名就叫《如何专门培养绅士与贵族，用简单但完美的方式教授学生理解、读写拉丁语……》。这么一本小书，却用了这么长的书名，它不仅用来指导培养贵族学生，更具体地说，是被用做指导培养王子成为国君的书。阿什凯姆没能活着看到此书的出版。
又过了近两百年，到了1761年，所有与神秘事件相关的重要人物都已谢世，阿什凯姆以书信形式所写的序言才被发现并公之于众。难以想像的是，这篇文章充满了斥责女王的文字。如果这篇文章在女王生前发表，甭管阿什凯姆多么受女王的宠爱，可怜的他肯定会受到激烈抨击。有一位名叫马香的绅士，就因为斗胆说了伊丽莎白女王与莱斯特贵族不只有一个儿子，而是两个，就遭到割掉一只耳朵的处罚。
阿什凯姆的序言是直接写给女王陛下的，写作时间为1566年10月30日。伊丽莎白女王对任何一丁点批评意见都非常敏感，更遑论别人谈论是是自己一直标榜的“守身如玉”的贞洁了。而这样一篇文章，矛头居然直指年轻的“处女”女王，这可真是一个很奇怪的题目啊。由于某种难以揣摩的缘由，阿什凯姆希望伊丽莎白女王把注意力集中到《圣经》中的大卫王故事上。大卫王为得到极富魔力的拔示巴为妻，用计谋杀了拔示巴的丈夫，他犯了私通罪和谋杀罪（书后讲到伊丽莎白与莱斯特被指控谋杀莱斯特的妻子，以便他们两个能在一起的故事。）。阿什凯姆好像在向当过自己学生的女王说，虽然她可能与大卫王一样有罪，但她一定会被赦免的，甚至“上帝也使大卫王陷入邪恶的最深渊，因着他犯了最残暴的谋杀罪，也犯了最无耻的通奸罪……在镜子面前，希望陛下能亲眼看见并意识到，上帝是如何处置大卫王的，神也会如此处置陛下您的，……但最终，正如大卫王基业昌盛并获得幸福一样，陛下的后代也一定会幸福无限。”
关于伊丽莎白与莱斯特的婚姻，这里还有更进一步的证据。当代研究培根的学者安德鲁·莱尔在自己的网站上讲述了一个来自英国最著名家族彭布罗克伯爵的故事：
那是1838年维多利亚女王登基之后的事情。“当维多利亚女王在威尔顿郡小住时，彭布罗克伯爵告诉她，在他家的一间档案室里留有一份文件，上面写着，伊丽莎白一世与莱斯特伯爵在1560年正式结婚。为了不泄露风声，结婚仪式以秘密誓言形式进行。结婚时，女王已身怀六甲，孩子的父亲就是莱斯特。法国和西班牙大使都把这件事汇报给了本国王室。他们还对女王说，如果她与莱斯特的婚事被证实，法国和西班牙就会联合起来入侵英国，废黜信仰新教的女王，换上一个信奉天主教的王室。维多利亚马上命令把这份文件拿给她看，她读了之后，一把火烧了，并留下一句话，‘任何人都不许干涉历史’。
另外还有一个关于这场婚姻的旁证，这一发现也很令人吃惊，因为它居然是在比较古老的《全英人物传记词典》中被发现的。这本词典应该是记载英国历史人物的主要源头：
“莱斯特在其妻子去世之前与女王之间的关系究竟如何，不做评论。但在其妻死后，他们的关系更紧密了。据说，她已经正式与他订婚，并在彭布罗克贵族的家里，秘密举行了婚礼，此时，她已经身怀六甲……1562年，伊丽莎白女王给莱斯特生了个孩子的传言，再次甚嚣尘上。有个叫罗伯特·布鲁克的人，因为散布这种谣言而获罪入狱。”
生你的时候，上帝一定诅咒了我！（1）
伊丽莎白的王宫里，飞短流长。弗朗西斯·培根就是在这样的环境中长成的。他生活中的最大困惑，就是与不远处西泊池庄园里的罗伯特·塞西尔表弟如何相处。这孩子是米尔德·塞西尔夫人惟一存活下来的孩子，尽管不很出色，但深受父母宠爱。也许，父母非常宠爱他，是因为他的残疾：他驼背，肩膀一边高一边低。人又长得非常瘦小，脸上总是缺少血色，人也显得比较冷漠。可他的头脑聪明异常。在以后的人生道路上，他将因聪明地使用头脑而获得成功。
在他们的生活都快要走到尽头时，弗朗西斯·培根曾说，他对罗伯特始终保持着高度的小心谨慎。他还不含任何歉意地说，罗伯特·塞西尔使他一生中的很多年都充满了最大的惋惜与痛苦。在密码故事中，他也表示了一种遗憾，说自己没有对罗伯特嫉妒心的强烈程度给予更高的关注。当他意识到这种危险时，已经太晚了。
但在弗朗西斯的年轻岁月里，他对此种危险并不知晓。12岁时，他被认为可以上大学学习了。这么小的年龄就被准许入学，是非常罕见的。
1573年3月的一个早晨，伊丽莎白女王突然造访古汗堡的培根家。几个星期后，弗朗西斯就打点行李，进了剑桥大学。他没有去尼古拉爵士读过的基督圣体学院，而是去了亨利六世捐赠的剑桥大学三一学院。亨利六世是弗朗西斯的外祖父。剑桥还是伊丽莎白受人尊敬的家庭教师罗杰·阿什凯姆先生读过的大学。当时，哥哥安东尼跟他一起上大学，非常可能的是，弗朗西斯上大学，女王起了重要作用。
三一学院院长亲自出门迎接两个孩子的到来，以表热忱的欢迎。有个叫约翰·惠特吉夫特的人，他是女王的宠臣，是个新教教徒。培根家的这两个孩子就直接归这位先生监管。他把两个孩子安排到自己房间的隔壁。这种特殊待遇，没有逃过其他学生的眼睛，称他们是“老师的小
宠物”。他们可能说得很对。几年后，这位惠特吉夫特先生就被女王擢升到全国最高宗教领袖的位置，成了坎特伯雷大主教。
尽管受到了特殊待遇，弗朗西斯却很不喜欢剑桥大学的生活。同学们都倾向于一种“混乱不堪的生活”，酗酒，做很过分的事，却不热衷于获取智慧。甚至大学周围的环境，也让这位来自美丽而井然有序的古汗堡的学生失望至极。但他们很快适应了这种环境。他们与同学交往，也没出现什么问题，只是他们的身份有些特殊罢了。培根哥儿俩据说还很受同学们的欢迎，说他们俩很风趣，并能随机应变，拿出有趣的想法与建议。他们对于所学课程，都表现出非常认真的态度，弗朗西斯表现得尤其突出。他们对新学科表现出渴望，这些新学科都是那个世纪的后半叶才渐渐为人所知的。弗朗西斯感到，对这些问题的探究自己是责无旁贷的。此时，他已经决定要“倾其全部所学，投身于家乡的建设”，他要利用所学，为“整个世界的变革”铺平道路。《穿透时间的人》的作者洛伦·埃斯利相信，虽然培根年纪很小，但他已经将一个充满希望的未来设想好了。
这些野心与梦想是不是真的在培根年纪很小时就已经形成，我们不得而知，但他很快发现，鼓励他进行自由研究、自由判断的那些人，最终都被隔离了。在英国的大学里，几乎没有思想者的空间。后来他写道：“在当时的大学里，几乎没有人愿意自由地思考。”
实验科学开始在这个世界上露出端倪。培根与大海那边意大利的伽利略，都是这一科学的预言家。此时哥白尼已经发现了天体运行轨迹，牛顿也将很快研究那个著名的
苹果引发的经典力学定律，并证明亚里士多德的理论只不过是理论而已。教会的大人们如果再争论天使是不是能倒立在针尖上，就会受到讥笑。亚里士多德曾说过冰比水重，说过狮子崽出生时是死的（其实是在睡觉），过几天才能活过来，说过大的物体比小物体下落时的速度快。而此时的人们已经不再迷信他说的那些话了。观察与实验是弗朗西斯所追求的一切。如果实验没有任何结果，那么，他是不能相信其可靠性的。基于逻辑所进行的各种争论，那已经是古人玩的把戏了。只有“观察并看到”，才会对未来有用。他一定要成为推动这个车轮朝前走的关键人物。
当然，他是对的。现代科学正是这样发展起来的。“智慧之人都已经被关进大学问家的地窖里去了——所谓大学问家就是那位学术独裁者亚里士多德——就像很多人被关进修道院和大学的地窖里一样。”培根这样写道。剑桥大学太令他失望了。于是，他和哥哥安东尼提出申请，希望允许他们回到古汗堡的家里，不再继续读下去。另外，几次瘟疫大流行，也使得剑桥大学关门停学好几次。在那几次瘟疫中，光伦敦一个地方，就有几千人死去。安妮夫人感到非常高兴，因为可以把两个孩子接回家中，在自己眼皮底下照顾了。1575年圣诞节前夕，剑桥大学三一学院里关于培根家两个孩子的记录停止了。这样，他们的正式求学生涯也就到了尾声。
这时，培根的秘密日记，如盖洛普和欧文所解密的那样，开始登场了。
这两个“金童”回家后的生活看起来很滋润，他们盼望与家人一起在古汗堡过个快乐的圣诞节。安妮夫人坚持要砍伐一棵最大的木头，在圣诞节时好好烧上一把，祈求来年万事顺心。她还坚持亲自准备节日宴会，来庆贺全家的团圆。弗朗西斯和安东尼一定乐坏了，也一定感到自己长大成人了，头脑中充满了智慧。
传记作家们一直对弗朗西斯的
幽默感津津乐道，总说他有一种魅力超群的“嘲讽的智慧”。本·琼森后来评价道，培根简直是“不嘲讽就说不了话”。他总是嘴上不留情，讥讽的话随口而出。哥哥安东尼也被认为很有幽默感。而正是弗朗西斯超人的幽默感和深刻的精神世界，才使他没有在后来的艰难岁月中垮掉。苦难的影子已经在不远处出现了。
古汗堡的那个圣诞节，标志着弗朗西斯无忧无虑的日子的结束。转过年，过了15岁生日，他遇到了一件令人惊异的事情。这件事完全改变了他的人生，使他飞快地成熟起来。坚决信任他的安东尼，一直站在他的身边，与他一起卷入巨大而难以预测的旋涡中。这场大旋涡不仅改写了他们的人生轨迹，也将对整个西方历史进程产生影响。
撼动小培根人生信念的令人不安的事件，就记录在欧文所发现的密码故事中。最初是从女王身边的那些侍女开始的，她们在百无聊赖之际，要寻找一点刺激来打发时日。弗朗西斯有残疾�