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生物源杀菌剂中重要的是农用抗生素类杀菌剂，以及从多种植物中分离提取得到的杀菌有效成分所加工成的杀菌剂。
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三、按照杀菌剂的防治对象分类（）
（一）杀真菌剂
杀菌剂中大多为杀真菌剂，防治由病原真菌引起的病害。
（二）杀细菌剂
如72％硫酸链霉素可溶性粉剂、2％春雷霉素液剂（商品名加收米）、铜制剂用于防治细菌性病害，如黄瓜细菌性角斑病、番茄青枯病、马铃薯黑胫病等。
但是铜制剂也是很好的杀真菌剂，氟制剂和硫制剂也是兼具杀真菌和杀细菌作用的无机杀菌剂。所以，除了在杀菌剂的毒理学研究中需要特别说明者，通常没有必要把这两种杀菌作用特别加以区分标明。
（三）病毒防治剂
20％盐酸吗啉胍·乙酸铜·三唑酮可湿性粉剂（凯尔）、20％盐酸吗啉胍·乙酸铜可湿性粉剂（病毒A）、宁南霉素等。目前专用的病毒防治剂种类很少。
（四）杀线虫剂
线虫并不属于病原菌，但是因为形态非常小，肉眼无法看清，而它所造成的植物体受害病征与病原菌的致病症状很相似，难于区别，因而过去把线虫所造成的作物受害现象归于病害，杀线虫剂也归于杀菌剂中论述。使用较多的杀线虫剂有阿维菌素（阿维灭线丹）等。涕灭威、呋喃丹等杀线虫剂因毒性较高已被禁用。有些土壤消毒剂或土壤熏蒸剂（如威百亩）对线虫也有控制和防治作用。溴甲烷也是很强的土壤处理用的杀线虫剂，但因具有破坏臭氧层的作用而被限期停产停用。本书已有一章专门讨论杀线虫剂，本章从略。
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一、喷雾法（）
这是最常用的施药方法。选用供喷雾用的合适剂型的杀菌剂加水稀释至推荐浓度，采用喷雾器喷施植株，适合于对作物地上部分或茎基部发生的病害或气传病害的防治，也可用于喷洒处理土壤及病原菌的其他中间寄主。
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二、喷粉法（）
适合于在具有封闭环境的条件下施用，尤其适合于温室大棚内施用。采用一定规格的喷粉器械，将加工成粉剂的药剂（如百菌清、速克灵、万霉灵等）混匀喷出，沉降至大棚或温室作物表面，可保护作物免受病菌侵染并防治病害。这种施药方法要求粉剂在棚室内能飘悬较长时间形成粉尘状态，以获得更满意的药粉均匀沉积，因此特称为粉尘法。
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三、种苗处理和包衣法（）
许多作物如小麦、玉米、谷子、高粱、棉花、马铃薯、辣椒等发生的一些土传病害、种传病害或系统性侵染的病害，播种时需要将种子与杀菌剂（如戊唑醇、苯醚甲环唑、烯唑醇、福美双、恶霉灵、甲霜灵、甲基硫菌灵、多菌灵、浸种灵等）拌合均匀。
种苗处理是防治种苗传播的病害的重要方法。也可以采用种衣剂处理种子的方法（称为包衣法），对于商品种子是很重要的种子处理方法。所用的制剂称为种衣剂。作物种子用种衣剂处理后即可作为商品种子销售。种衣剂中常含有起警示作用的染料，使种子带有粉色或红色的警示色。
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四、蘸花法（）
番茄等作物在保护地栽培条件下，由于保护地内与外面相对隔绝，一些授粉昆虫难以进入保护地授粉，需要采用2，4滴＋嘧霉胺（或嘧菌环胺）蘸花，以增加雌花数，减少灰霉病对幼果的侵入。
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五、涂抹法（）
防治苹果腐烂病，常在秋、冬季或早春将苹果树上带有腐烂病的树皮剥除，并涂上福美胂膏剂，可预防腐烂病。
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六、熏烟法（）
在保护地栽培条件下，为了降低保护地空气湿度，或在不适合采用喷雾法施用药剂时，可采用烟熏的办法施药。但是必须慎重选择适当的烟剂，如百菌清、速克灵、嘧霉胺的烟剂等。烟剂在点燃施放过程中会有相当数量的有效成分被烟剂发热时产生的高温所分解破坏并产生有毒的气态分解产物，造成农药的损失和棚室环境的污染，也提高了烟剂的使用成本。因此，建议尽量不采用施放烟剂的方法，可采用粉尘法，其效果更高于烟剂，并且粉尘剂没有热分解的风险，施药的成本很低，并且工效很高。
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七、浇灌法（）
黄瓜、番茄、辣椒等作物在保护地栽培条件下常常从根部或茎基部开始发生枯萎病、根腐病、烂棵、菌核病、茎基腐病、立枯病、猝倒病等，需要采用一定浓度的药液浇灌茎基部。例如，采用铜制剂用水稀释后灌药，预防作物枯萎病等。
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八、拌土（）
有些作物是在苗床上进行播种，而苗床土需拌入杀菌剂（如铜制剂、五氯硝基苯、恶霉灵、多菌灵、甲基硫菌灵等）。
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九、杀菌剂的混合使用（）
（一）杀菌剂混合使用
正确的混合使用，可扩大防治对象的范围，可能产生增效作用，可能具有延缓病原菌产生抗药性的效果，也可能取得降低用药成本和其他效果。但这些效果需要经过认真的研究和试验，不能任意混合使用。有些农民为了节省喷药的时间，喜欢把多种农药一次性地混合后喷洒，称之为“四合一”、“一次清”、“一遍净”，这种方法是不宜提倡的，而且可能是危险的。
（二）关于杀菌剂的混配制剂问题
我国生产的农药品种之中有大量的混配制剂。这种混配制剂与混合使用不同，混配制剂是已经在工厂中预先加工好的商品化制剂，在全国各地销售。用户买到了混配制剂以后已不能改变其中的农药有效成分组成，因此不管需要不需要，买来的混配制剂中的各种成分都只能一次性地全部喷出。这样就必然会造成一部分原本并不需要使用的农药也都喷到作物上，这是一种浪费，也会增加对环境保护的压力。而混合使用则是由农药使用者自主决定究竟需要把哪几种农药混合使用？决定后再加以混合，不需要用的就不混合。所以，农药的混合使用与否，决定权应在使用者手中，应由使用者自己或与植保技术人员咨询讨论后决定，决定权并不是在农药生产厂家手中。全国各地的病虫害发生情况千差万别，一种混配制剂不可能在全国各地到处都适用。由此可见，把多种农药加工成混配制剂而向全国各地销售，除了提高了工厂产品的价格之外，没有任何积极的意义。所以，工厂大量生产混配制剂的做法是错误的。农民在选用农药混配助剂产品时必须小心，注意查明其配方组成，如果发现有些组分并非使用者所需，就不要购买，以免造成不应有的浪费。
（三）正确认识处理混合使用与混配制剂的关系
在一个作物上同时发生一种以上病害或一种以上虫害的情况是有的，为了节省喷药次数，将杀菌剂与杀虫剂混合使用也未尝不可。例如，在保护地栽培的黄瓜上同时发生粉虱（*虱和烟粉虱）和霜霉病、灰霉病等，通常将防治*虱的杀虫剂（吡虫啉）与防治霜霉病的药剂（金雷多米尔）、防治灰霉病的药剂（异菌脲、烟酰胺、嘧霉胺、嘧菌环胺等）混合使用。在保护地栽培的番茄上，也会同时发生*虱和叶霉病、灰霉病或晚疫病，通常可将防治*虱的杀虫剂与杀菌剂现混现用。但是，应注意杀菌剂使用方法的选择问题，比如防治*虱的药剂以粉尘法的效果为最好，需要采取粉尘法；而杀菌剂可能是采取喷雾法，这样就不能混合使用，除非杀菌剂也选用了粉尘法，混合喷粉也是一种很好的选择，因为粉尘法喷撒667平方米棚室只需要5～10分钟而且无须用水。从技术经济层面看，无疑粉尘法是最佳选择。
小麦、玉米拌种时，可将防治小麦土传病害、种传病害的药剂（如戊唑醇、苯醚甲环唑、咯菌腈、福美双等）与防治小麦地下害虫的药剂（克百威、辛硫磷、吡虫啉等）混合制备成种衣剂，将防治玉米茎基腐病的药剂（多菌灵等）与防治玉米地下害虫的药剂（克百威、辛硫磷或吡虫啉等）制成种衣剂使用。小麦扬花期将防治小麦蚜虫的药剂（如吡虫啉）与防治*病、锈病的药剂（三唑酮或丙环唑等）现混现用。
但是，必须注意这些情况的地区性差别和气候条件的差别，即使在同一地区，也会由于气候条件的变化而未必任何时候都会同时发生多种同样的病虫害。只有在情况清楚的时候，才可就地进行现场混合使用，切不可把一时一地的研究结果或经验推广到各地普遍采用。这些经验可以供其他地区作为参考。
叶面肥与农药也可以混合使用，但必须注意农药与叶面肥之间的相互作用是否无害于农药的性能和作用。
杀菌剂与植物生长调节剂或微肥的混施，也必须注意杀菌剂与生长调节剂之间的相互影响，最好预先经过仔细的试验比较，确证没有不良作用再混合使用。
许多表面活性剂与杀菌剂现混现用可起到改善药液在作物表面的湿润性、增加药剂的渗透性而提高效果，称为桶混助剂。一般的加用量为0。05％～0。10％。一种新型有机硅表面活性剂使用时加入量为0。03％，这点已在水稻田部分病虫害、黄瓜霜霉病、番茄晚疫病和黄瓜*病的防治上得到验证。国外通过桶混使用杀菌剂较为普遍。桶混法是现场混合使用方法。所供应的商品农药在标签中有特别说明，这种农药可以与何种农药桶混，用特定的颜色标记，相同颜色的可以混合使用，不同颜色的农药则不能混合使用。这种方式的商品对农民特别有利。
杀菌剂的混合使用，将保护性杀菌剂与内吸性杀菌剂混合使用，或做成商品混配制剂或供现场桶混使用的制剂。
判断能否混用，对于病害防治很重要。当配制一种杀菌剂的药液后加入另一种杀菌剂或其他农药（杀虫剂、植物生长调节剂或肥料等）时，如果出现絮状沉淀或出现变色、分层、沉油或浮油等现象，说明不能混用，只能分别单独使用。
相同类型的杀菌剂有时也不宜混用。例如，不能将杀毒矾与金雷多米尔混用，不能将阿米西达与醚菌酯（翠贝）、吡唑醚菌酯（凯润）、吡唑醚菌酯＋代森联（百泰）混用，不能将银发利与霜霉威混用等。此外，如苯醚甲环唑不能与腈菌唑混用防治瓜类作物*病、丙环唑不能与三唑酮混用防治小麦*病；烯酰吗啉（安克锰锌）不可与氟吗啉（灭克锰锌）混用防治瓜类作物霜霉病、马铃薯（番茄）晚疫病、辣椒疫病，而异菌脲（扑海因）也不可与乙烯菌核利、速克灵混用防治作物灰霉病、菌核病；多菌灵不能与甲基硫菌灵混用等。很多内吸性杀菌剂与代森锰锌的混剂不能再与代森锰锌（大生）混用，铜制剂一般不能与酸性农药混用。铜制剂与福美类和代森类杀菌剂混用有拮抗作用。这些情况比较复杂，需要仔细认真的分析研究，再作抉择，不要贸然混合使用。
可推荐使用下列杀菌剂的混剂，或将下列不同类型的杀菌剂现混现用：
甲霜灵（金甲霜灵）＋代森锰锌预防晚疫病、早疫病、灰霉病；甲霜灵（金甲霜灵）＋百菌清、嘧菌酯＋百菌清、嘧菌酯＋苯醚甲环唑、嘧菌酯＋苯醚甲环唑＋百菌清预防*病、灰霉病、霜霉病、晚疫病等；多菌灵＋硫黄防